ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดนครพนม เป็นศูนย์ที่ตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี ในจังหวัดที่ไม่มีโรงเรียนการศึกษาพิเศษ จัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ เพื่อให้บริการการศึกษาแก่คนพิการ

ในปีการศึกษา 2543 โดยการขอความร่วมมือกับโรงเรียนศรีบัวบานวิทยาคม และองค์การบริหารส่วนตำบลนาราชควาย    อ.เมือง จ.นครพนม ในการขอใช้ที่สาธารณะประโยชน์ 17 ไร่ เป็นสถานที่จัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดนครพนม ได้รับความร่วมมือเป็นอย่างดีจากชุมชน และโรงเรียนศรีบัวบานวิทยาคม โดยท่านผู้อำนวยสมพงษ์ อุ่มมะวรรณ ในสมัยนั้น ให้การสนับสนุนและให้ความร่วมมือในการใช้อาคารเรียน เป็นสำนักงานศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดนครพนมชั่วคราว

ต่อมา ในปี พุทธศักราช 2547 ได้ขอความอนุเคราะห์สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนม เขต 1 ใช้อาคารศึกษาธิการจังหวัดเดิม ตั้งเป็น ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดนครพนม

และในปีพุทธศักราช 2555 ได้รับงบประมาณในการก่อสร้างศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดนครพนมแห่งใหม่ บนเนื้อที่ 17 ไร่ ตั้งอยู่เลขที่ 377 หมู่ 8 บ้านเนินสะอาด ต.นาราชควาย อ.เมือง จ.นครพนม

โดยมีนายสุพจน์ ชะพินใจ เป็นผู้อำนวยการตั้งแต่แรกเริ่ม

ปี พ.ศ. 2563 - พ.ศ. 2565 นางพัชรีวรรณ พรมกุล ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ

ปัจจุบัน ว่าร้อยตรีณรงค์รัชช์ โชคธนาประสิทธิ์ เป็นผู้อำนวยการ